La certificación de los productos ecológicos es una de las principales misiones de las administraciones, cuyo objetivo es garantizar la calidad de estos alimentos y transmitir confianza a los consumidores.

En España, el control y la certificación de la producción agraria ecológica se lleva a cabo mayoritariamente a través de Consejos o Comités de Agricultura Ecológica territoriales (CAE), que son organismos dependientes de las Consejerías o Departamentos de Agricultura de las Comunidades Autónomas, o directamente por Direcciones Generales adscritas a las mismas. No obstante, tres Comunidades Autónomas han autorizado a su vez organismos privados para la realización de estas funciones: Andalucía, Castilla La Mancha y Aragón.

Como distintivo para que el consumidor pueda reconocer en el mercado los productos de la agricultura ecológica, todas las unidades envasadas, además de su propia marca, llevan una etiqueta (o contra etiqueta) numerada y un logotipo con el nombre o el código del organismo certificador. Todos contienen como elemento en común la leyenda "Agricultura ecológica".

Por tanto, la etiqueta de cada producto contendrá, obligatoriamente, el código de la entidad certificadora, formado por las iniciales ES, que indica que el producto está certificado en España; las iniciales AN, por ejemplo en el caso de que el producto proceda de Andalucía; seguido de un número de 2 dígitos que identifica a la entidad certificadora y finalizando con las siglas AE, en referencia a Agricultura Ecológica: ES - AN – “XX” – AE.

A nivel comunitario, los ministros de Agricultura de la Unión Europea han alcanzado un reciente acuerdo relativo a la producción y etiquetado de alimentos ecológicos. Las nuevas disposiciones van a obligar a hacer uso del anagrama ecológico de la UE, si bien también podrán ir acompañados de otros anagramas nacionales o privados. Además, podrán emplearse los términos “eco”, “ecológico”, “bio”, “biológico” u “orgánico”, que lo califican como de producción ecológica y que sólo se podrán emplear por estos productos en exclusiva.